در انیمیشن هارلوک: دزدان فضایی، کاپیتان هارلوک رهبر سفینه دزدان فضایی و همراهان بی باکش است که با بیگانگانی که برای تسخیر کره زمین آمده اند مقابله می کند…...

داستان از جایی آغاز می شود که آنا ویلیامز می خواهد خواهرش را به دام بیندازد، نینا ویلیامز! که در حال حاضر مشغول به همکاری با رئیس جدید شرکت میشیما می باشد. نام این رئیس کسی نیست جز جین کازاما. آنا در کنار شغل خود، برای شخص جین نیز به طور شخصی کار می کند و عضو تیم او می باشد. آن ها به دنبال اطلاعاتی درباره دانش آموزی با نام شین کامیا می گردند و…