هورو ساکاکی و متحدانش پس از شکست خردشده در دست خداوند زمین، هورو ساکاکی و متحدانش با یک قبیله مهاجم اسرارآمیز، که از انسانهایی که 20،000 سال پیش در زمین پشت سر گذاشته بودند، روبرو می شوند، کشف یک قلعه...

داستان درباره اتحاد میان انسان ها، بیگانه ها و گودزیلا با هم است تا در مقابل موجودی قدرتمند به نام گیدورا قرار بگیرند و......

در آیندهای دور، بشر بار‌ها توسط نیروی «کایجوس» ملقوب شده است. نیرویی که در راس قدرت آن گودزیلا، فرمانروای هیولاها قرار دارد......

در آینده ای دور ، تمدن انسان ها به نهایت تکنولوژی دست یافته است. یک عفونت باعث از کار افتادن سیستم های خودکار چرخه ی شهرها شده است و در نتیجه ساختار چند لایه ی شهر به صورت نامحدود تکرار می شود. حال بشریت کنترل شهر را از دست داده و سیستمی دفاعی به نام Safeguard وظیفه ی شکار و پاکسازی هر گونه تهدیدی را به صورت خودکار برعهده می گیرد. در گوشه ای از شهر گروهی با نام Electro-Fishers گیر این سیستم دفاعی افتاده اند و به گونه ای محاصره شده اند. دختری به نام Zuru راهی سفری به شهر می شود تا برای مردم روستایش غذا تهیه کند. او به صورت اتفاقی در برجی باعث ایجاد حس خطر می شود و سیستم Safeguard او را به عنوان یک تهدید در نظر می گیرد و در پی نابود کردن آن است. با وجود بسته شدن همه ی راه های فرار، تنها کسی که می تواند او را نجات دهد Killy و گروهش می باشد که همه آن ها برای زنده ماندن با هم متحد می شوند و…