داستان فیلم حول زندگی پر هیجان پسر بچه ای با نام «جیکوب» می گذرد که خود را در خانه ای پر از بچه های جور واجور با توانایی های خاص و مافوق طبیعی پیدا می کند. مسئولیت مراقبت و پرورش توانایی های این کودکان بر عهده ی خانم «پرگرین» است که به نوبه ی خود توانایی های فوق العاده ای دارد…

یک نوجوان 16 ساله به نام ژاکوب پورتمن که یک پناهگاه سری در یک جزیره کشف میکند که در آنجا، کودکان غیرعادی که دارای توانایی های خاصی هستند توسط یک زن نگهداری می شوند. ژاکوب قصد دارد با کودکان و افراد ساکن در این جزیره آشنا شود ولی متوجه می شود که اتفاقاتی درحال وقوع است که ممکن است برای آنها خطرناک باشد…