پس از دریافت یک سری پیام های رمزی عجیب و غریب، یک گروه از بچه ها همراه یک بیگانه که به کمک آنها نیاز دارد وارد یک ماجراجویی می شوند…...

داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط شریدر در نیویورک منتشر شود، رخ می دهد. خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند…

لاک پشت های نینجا که در نیویرورک هستند، خود را برای مقابله با دشمن سرسخت خود، تی سی آر آی آمده می کنند. دکتر باکستر استاکمن که بر روی پروژه ی طوفان اوزونی برای دشمن لاک پشت ها کار می کند، در حال آماده سازی مقدمات حمله ای آسمانی و بزرگ به نیویورک می باشد. حال آپریل اونیل خبرنگار به کمک 4 لاک پشت قصد دارند مانع از وقوع این حمله ناگهانی به نیویورک شوند و…