داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط شریدر در نیویورک منتشر شود، رخ می دهد. خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند…

داستان درباره 4 لاک پشت نینجا به نام های لئوناردو، رافائل، میشل آنجلو و دوناتلو می‌باشد که باید در برابر دشمنی اهریمنی و بدجنس به نام “شریدر” ایستادگی نمایند و…عوامل دوبله صدا و سیما گویندگان منوچهر والی زاده، مریم شیرزاد، شایان شام بیاتی، تورج مهرزادیان، علیرضا باشکندی، منوچهر زنده دل و…