لاک پشت های نینجا که در نیویرورک هستند، خود را برای مقابله با دشمن سرسخت خود، تی سی آر آی آمده می کنند. دکتر باکستر استاکمن که بر روی پروژه ی طوفان اوزونی برای دشمن لاک پشت ها کار می کند، در حال آماده سازی مقدمات حمله ای آسمانی و بزرگ به نیویورک می باشد. حال آپریل اونیل خبرنگار به کمک 4 لاک پشت قصد دارند مانع از وقوع این حمله ناگهانی به نیویورک شوند و…