داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط شریدر در نیویورک منتشر شود، رخ می دهد. خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند…